YSBY yang didirikan pada tahun 1987 dengan visi “terwujudnya masyarakat yang berdaya, bermartabat dan multikultural”. Untuk mewujudkan visi tersebut YSBY mempunyai 3 Unit Kerja ; kursus bahasa, penterjemahan bahasa asing dan pemberdayaan masyarakat dengan 3 isu utama (lingkungan hidup, pendidikan inklusi dan UMKM).
Pembentukan WALHI Yogyakarta, berawal dari dialog lingkungan hidup pada tanggal 19 September 1986. Saat itu, disadari ada kebutuhan bersama untuk membentuk sebuah Forum Gerakan Lingkungan di Yogyakarta yang dapat menampung aspirasi perjuangan
Yayasan Kebaya Yogyakarta berdiri tahun 2006 adalah Yayasan Nir Laba yang bergerak di isu HIV / AIDS, dukungan perawatan ODHIV dalam shelter dan ODHIV luar shelter, Advokasi dan Permberdayaan Transpuan di Yogyakarta.
Berlokasi di Bantul, Yayasan Vesta membuka hotline service untuk memberikan informasi IMS, HIV & AIDS, info layanan test HIV, konseling HIV dan pemberian kondom dan pelicin di Yogyakarta dan sekitarnya.
Perkumpulan Untuk Peningkatan Usaha Kecilmerupakan organisasi nirlaba yang independen, berawal dari inisiasi program Peningkatan Industri Kecil (PIK) – KADIN Jawa Barat, dan prakarsa tiga kelompok profesional yaitu Pengusaha, Akademisi dan Aktivis Ekonomi yang dimulai tahun 1979 bekerjasama dengan lembaga dari Jerman yaitu Friedrich-Naumann-Stiftung (FNSt)
Desa Lestari adalah perkumpulan yang didirikan pada 1 November 2014 dan disahkan oleh Menteri Hukum dan HAM pada 11 Oktober 2016. Perkumpulan Desa Lestari menaruh kepedulian pada desa dalam mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik di terutama pada proses perencanaan, pelaksanaan, pelaporan dan pemantauan pembangunan desa.
Yayasan Penabulu didirikan di Jakarta sejak tahun 2002, dan disahkan oleh notaris Riana Hutapea, notaris di Jakarta, melalui Akta No. 1 tertanggal 22 Oktober 2003 dan dikukuhkan melalui SK Menteri Hukum dan HAM RI No: C-435 HT.01.02.TH 2004. Sejak berdirinya, Penabulu telah meletakkan visinya pada keberdayaan organisasi masyarakat sipil Indonesia
Di bawah label IDEA, berbagai diskusi dengan skala terbatas maupun terbuka diselenggarakan. Akademisi, mahasiswa, aktivis NGO dan wartawan lambat laun mulai terbiasa dengan diskusi-diskusi dan wacana yang berkembang di IDEA yang berciri kritis, terbuka dan kadang eksperimental
Secara resmi LSM Rumah Impian (Dreamhouse) berdiri pada bulan Februari 2009. Akan tetapi, sejarah interaksi dengan komunitas anak jalanan telah dimulai jauh sebelum itu. Interaksi itu dimulai pada tahun 2000 dengan kegiatan yang sederhana, olahraga bersama (kebanyakan sepakbola) di area kampus Universitas Gadjah Mada setiap Sabtu sore